Muy próxima al palacio de Las Dueñas, se levanta, como tantas otras de las existentes en el centro histórico de la ciudad, sobre el solar de una antigua mezquita, con las características constructivas de aquellas primeras iglesias gótico-mudéjares de Sevilla. Sin embargo, las muchas ampliaciones y reformas tanto interiores como exteriores llevadas a cabo durante siglos (1504, 1710, 1724, 1788, 1959…), han modificado en parte su fisonomía y estructura original, de la que apenas quedan la bóveda mudéjar de la Capilla Sacramental y una interesante portada gótica.
La iglesia es sede de la famosa Hermandad de la Amargura, conocida como el silencio blanco y que hace su estación de penitencia el Domingo de Ramos, así como de la popular Hermandad de la Virgen de la Cabeza, corporación de gloria filial de la hermandad matriz de Andújar.
Antonio Machado es bautizado en esta iglesia de San Juan de la Palma el 28 de julio de 1875, frente al mismo altar donde años después contraerá matrimonio su hermano Manuel.